这部电影以现实生活中的康复计划为背景，由包括前囚犯在内的多名演员出演，讲述了一个剧团通过创造性地上演一出戏剧，逃离了监禁的现实。

影片延续前作剧情，故事从“小丑”亚瑟（华金·菲尼克斯 饰）被捕后展开，他在狱中等待着审判日的到来。然而，就在亚瑟与自己的双重人格缠斗之时，他不仅偶遇真爱，甚至还释放出一直潜藏在内心的旋律。

杰森·伯恩事件引起连锁反应，踏脚石（Treadstone）计划以及CIA用药物控制强化特工的行径通过报纸公之于众，令其幕后人物坐立不安。为了阻止满盘皆输的局面出现，CIA高层决定中止该计划，并将相关特工人员以及科学家从行动中抹杀。在此后的日子里，那些深藏在国家政治最底层、依靠蓝绿药丸执行各种绝密任务